ينص قانون تنظيم إدارة النفايات على أن مجلس إدارة الوكالة التنظيمية لإدارة النفايات هو السلطة العليا التي تتحكم في شؤون الوكالة وإدارتها والموافقة على السياسة العامة التي تعمل بها. :
1 – اعتماد السياسات والخطط الإستراتيجية لإدارة المخلفات بأنواعها المختلفة ، وكذلك الموافقة على الخطة المحلية الرئيسية للإدارة المتكاملة للنفايات. .
2 – اعتماد خطط وبرامج عمل الوكالة .
3 – اعتماد الهيكل التنظيمي للجهاز ، وفقاً للقواعد والإجراءات المقررة في هذا الشأن. .
4 – اعتماد اللوائح الداخلية المالية والفنية والإدارية وغيرها المتعلقة بتنظيم عمل الجهاز .
5 – وضع نظام للتعاقد مع الخبراء والمختصين الذين تستعين بهم الهيئة للعمل في المشاريع التي تقوم بها أو تشرف على تنفيذها ، وتحديد طريقة المعاملة المالية لهم ، وفقاً للقوانين المنظمة لذلك. .
6 – قبول الهبات والإعانات والتبرعات التي تقدم للهيئة بما لا يتعارض مع أهدافها ووفقاً للقواعد والإجراءات المقررة في هذا الشأن. .
سبعة – تحديد فئة الرسوم الخاصة بإصدار التراخيص والتصاريح والموافقات التي تصدرها الهيئة على ألا تتجاوز الحد الأقصى المنصوص عليه في هذا القانون ومقابل الأعمال أو الاستشارات الفنية أو التوصيات أو الخدمات التي تقدمها الهيئة. ينفذ للغير يتخذ قرار بتحديد فئاتهم من قبل الوزير المختص بعد موافقة مجلس الإدارة. .
8 – تقديم المشورة بشأن الفواتير المتعلقة بتنظيم عمليات إدارة النفايات .
9 – اعتماد الدراسات والمشاريع التجريبية والتجريبية والدراسات اللازمة لتطوير نظام إدارة النفايات .
عشرة – اعتماد مؤشرات الأداء الرئيسية للرقابة والمراقبة والتقييم لممارسات إدارة النفايات .
11 – إقرار مشروع الميزانية السنوية والحساب الختامي السنوي والوضع المالي والقوائم المالية للوكالة .
12- فحص ما يرى الوزير المختص أو مدير عام الجهاز أنه يعرض في الأمور التي تدخل في اختصاصه.