حددت المادة 5 من قانون إعادة تنظيم الهيئة العامة للنقل النهري تشكيل مجلس إدارة الهيئة ، حيث نصت على أن يكون للهيئة مجلس إدارة برئاسة رئيس مجلس الإدارة. . وعضوية كل من:
– رئيس الدائرة المختصة بالفتاوى بمجلس الدولة.
ممثلين عن وزارات الدفاع والداخلية والموارد المائية والري والتنمية المحلية والبيئة والمالية والصحة والسكان والسياحة والآثار يختارهم الوزير المختص في كل وزارة.
– ممثل عن الهيئة العامة للبناء ومشروعات التنمية الزراعية يختاره الوزير المسؤول عن الزراعة وتحسين الاراضي.
ممثل عن المركز الوطني للتخطيط المكاني للدولة يعينه مدير المركز.
– ممثل عن الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة يختاره رئيس الجهاز.
– أربع شخصيات من ذوي الخبرة يختارون بقرار من الوزير المختص.
يصدر بتشكيل مجلس الإدارة ونظام عمله والمعاملة المالية لأعضائه قرار من الوزير المختص لمدة عامين.
يعين رئيس مجلس إدارة الهيئة بقرار من رئيس مجلس الوزراء بناء على اقتراح الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد ، ويحدد هذا القرار نظامه المالي.